SSRIT是什么工具

這篇文章給大家分享的是有關(guān)SSRIT是什么工具的內(nèi)容。小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過來看看吧。

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微衛(wèi)星microsatellite, 又叫做簡單重復(fù)序列(simple sequence repeats, SSR)或者短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats, STR), 指的是以2到10bp的短序列為單位，重復(fù)出現(xiàn)多次所構(gòu)成的DNA序列。

重復(fù)的最小單位稱之為motif, 示例如下

agagagagagag

上述片段就是一段SSR序列，motif為ag, 重復(fù)出現(xiàn)了6次。

微衛(wèi)星DNA種類多，分布廣，在基因組中平均50bp就有一個(gè)重復(fù)序列；在不同種族，不同人群中重復(fù)單位和重復(fù)次數(shù)都大不相同，構(gòu)成了SSR遺傳多態(tài)性。

SSRIT是一款識別簡單重復(fù)系列的軟件，官網(wǎng)如下：

http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

該軟件的官網(wǎng)提供了在線服務(wù)，用法如下

第一步，選擇motif的最小長度和最小重復(fù)次數(shù)

參數(shù)a用于選擇motif的最小長度，可選范圍為2到10bp; 參數(shù)b用于選擇最小重復(fù)次數(shù)，建議最小重復(fù)次數(shù)為5以上。

第二步，輸入fasta格式的序列

在文本框中，輸入fasta格式的序列，然后點(diǎn)擊右下角的FIND SSRs提交即可。

輸出結(jié)果如下

第一列為SSR區(qū)域的ID,由序列標(biāo)識符和數(shù)字編號構(gòu)成，第二列為Motif的堿基序列，第三列為重復(fù)次數(shù)，第四列和第五列對應(yīng)SSR區(qū)域的起始和終止位置，第六列為輸入序列的總長度。

也可以下載腳本本地運(yùn)行，安裝過程如下

wget ftp://ftp.gramene.org/pub/gramene/archives/software/scripts/ssr.pl

該軟件采用perl語言開發(fā)，直接下載對應(yīng)的perl腳本就可以了，這個(gè)perl腳本寫的是比較簡陋的，并沒有提供幫助文檔之類的信息。從源代碼可以看出，用法如下

perl ssr.pl input.fasta  > ssr.txt

只需要提供fasta格式的輸入文件就可以了，一次可以提供多個(gè)fasta文件，示例文件如下

>seq1
agagattaggatcgatcgcgctctctctctctctctcgatcgagatcgat
ggccatcatcatcatcatcattgagatatagcgcgatatcgagagatctc
agaatagatatcgcgctatagagagatcgagagagagtaga
>seq2
agagataggaatatgagatagcgggggggggggggcgctatacgcgctcg
gagagagatctctctctctcttatagagatcgatcgactagctagatata
agactcactcactcactcactcactcagcgcgat

輸出結(jié)果通過重定向保存在ssr.txt文件中，該文件的內(nèi)容如下

seq1 1 3 cat 6 54 71 141
seq2 1 4 actc 6 103 126 134

輸出內(nèi)容和在線服務(wù)基本一致，第2列和第三列不需要看。需要注意的是，同樣的輸入文件，在線服務(wù)識別到了4個(gè)SSR區(qū)域，而本地版只識別到了2個(gè)，這個(gè)是因?yàn)閰?shù)設(shè)定不同。

本地版的motif長度和重復(fù)序列次數(shù)只能通過修改源代碼實(shí)現(xiàn)，對應(yīng)代碼如下

my @specs = ([2,9],  #dinucl. with >= 9 repeats
             [3,6],  #trinucl. with >= 6 repeats
             [4,5]); #tetranucl. with >= 5 repeats

默認(rèn)情況下，對于2bp的motif, 要求最小重復(fù)次數(shù)為9次，ct這個(gè)motif只出現(xiàn)了8次，所以過濾掉了，如果想要和官網(wǎng)保持一致，可以修改源代碼，然后再次運(yùn)行就可以了。

感謝各位的閱讀！關(guān)于“SSRIT是什么工具”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學(xué)到更多知識，如果覺得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！

標(biāo)題名稱：SSRIT是什么工具
文章路徑：http://www.muchs.cn/article0/phojio.html

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