linux寫(xiě)命令腳本 linux 寫(xiě)腳本

學(xué)生信的那些事兒之七 - Linux基礎(chǔ)之Shell腳本編程

沿著前面的軌跡，接下來(lái)是Linux中shell腳本的學(xué)習(xí)。這對(duì)于生信工程師后續(xù)處理大量 (海量更合適些) 數(shù)據(jù)是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個(gè)有點(diǎn)古板的人，對(duì)于"腳本"是什么意思我都死磕了好久。主要覺(jué)得有些抽象，尤其是跟生信的同事討論項(xiàng)目分析部分的問(wèn)題時(shí)，他們經(jīng)常會(huì)說(shuō)道這個(gè)詞，在他們意識(shí)里這是個(gè)不言自明的術(shù)語(yǔ)，殊不知對(duì)外行人而言 (比如我)，那簡(jiǎn)直就是無(wú)情的"知識(shí)的詛咒"。經(jīng)常是我假裝聽(tīng)懂了，然后繼續(xù)討論下面的問(wèn)題，形成一個(gè)模糊的印象。

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百度上的解釋是：腳本（Script）是一種批處理文件的延伸，是一種純文本保存的程序，一般來(lái)說(shuō)的計(jì)算機(jī)腳本程序是確定的一系列控制計(jì)算機(jī)進(jìn)行運(yùn)算操作動(dòng)作的組合，在其中可以實(shí)現(xiàn)一定的邏輯分支等。不知道你能不能看懂，反正我開(kāi)始的時(shí)候真是一知半解。

鳥(niǎo)哥私房菜的解釋是：shell script是利用 shell 的功能所寫(xiě)的一個(gè)"程序"，這個(gè)程序是使用純文本文件，將一些shell的語(yǔ)法與命令(含外部命令)寫(xiě)在里面，搭配正則表達(dá)式、管道命令與數(shù)據(jù)流重定向等功能，以達(dá)到我們所想要的處理的目的。不明覺(jué)厲，好像更看不懂了···

Jude 的簡(jiǎn)單粗暴大白話解釋是：腳本就是Linux中很多命令按照一定規(guī)則的組合，以實(shí)現(xiàn)某個(gè)特定的功能。Linux中有很多簡(jiǎn)單的命令，往往只是進(jìn)行了簡(jiǎn)單的對(duì)話，比如 cd 就是進(jìn)入到某個(gè)目錄，簡(jiǎn)單直接。但是如果我想進(jìn)入某個(gè)目錄A，然后在目錄A中創(chuàng)建目錄B，再在目錄B中創(chuàng)建文本C呢？當(dāng)然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用腳本，把三個(gè)命令寫(xiě)在一起，一起執(zhí)行。好像有點(diǎn)啰嗦···

或者從英語(yǔ)的角度去理解，腳本的對(duì)應(yīng)英文是Script，而這個(gè)單詞的中文釋義中還有劇本的意思。劇本就好理解了啊，劇本就是導(dǎo)演(生信工程師)基于某個(gè)主旨(要實(shí)現(xiàn)的目標(biāo))按照一定的手法(規(guī)則)所寫(xiě)的一個(gè)故事。不管是哪個(gè)演員，都得按照劇本演。所以，學(xué)好英語(yǔ)對(duì)于生信也是有幫助的~

按照腳本的復(fù)雜程度可以分為：

這個(gè)無(wú)需多說(shuō)，其實(shí)就是若干個(gè)簡(jiǎn)單命令的順序排列，執(zhí)行腳本后會(huì)按照命令的前后關(guān)系從前往后一一執(zhí)行。

相對(duì)于簡(jiǎn)單的基本腳本，結(jié)構(gòu)化的命令腳本可以施加邏輯流程控制，從而改變程序(命令)執(zhí)行的順序?；灸_本中的命令就是從上往下執(zhí)行，但是結(jié)構(gòu)化的命令腳本可以根據(jù)邏輯判斷重復(fù)或者跳過(guò)某些命令。

常用的結(jié)構(gòu)化命令(語(yǔ)句)有：

后面還有什么嵌套循環(huán)啊啥的，不過(guò)我覺(jué)得上面的7中命令學(xué)到家了，應(yīng)該可以應(yīng)付大部分在生信分析里面的應(yīng)用了。

記得高中的時(shí)候，物理老師(也是班主任)在給我們講解習(xí)題時(shí)有個(gè)有意思的套路：不管什么難題現(xiàn)在下面寫(xiě)個(gè)"答："，以示自己解決問(wèn)題的決心，也是一種正向的心理暗示。腳本編寫(xiě)也是有套路的，不過(guò)總的來(lái)說(shuō)還是比較簡(jiǎn)單。

對(duì)于簡(jiǎn)單的腳本(超級(jí)簡(jiǎn)單的那種)，直接幾個(gè)命令連在一起即可，中間用"；"隔開(kāi)。

對(duì)于更長(zhǎng)更復(fù)雜的腳本，一般需要?jiǎng)?chuàng)建一個(gè)文本，并在里面編輯。這就涉及到了文本編輯器，比較常用和簡(jiǎn)單的一般有nano和vim，實(shí)在很簡(jiǎn)單，規(guī)則也容易理解，教程隨手可得，不多說(shuō)。

比如用vim創(chuàng)建了一個(gè)腳本之后，具體的語(yǔ)法(套路)：

ok，腳本寫(xiě)完了，怎么讓腳本開(kāi)始工作呢？這有涉及到之前講過(guò)的環(huán)境變量和相對(duì)路徑、絕對(duì)路徑了。方法有三：

就這么多吧，應(yīng)該有點(diǎn)感覺(jué)到了，剩下的就是狂練狂練了~

Linux集群命令分發(fā)執(zhí)行腳本

如果沒(méi)有運(yùn)維人員或運(yùn)維軟件，但是又面臨在一個(gè)集群中每臺(tái)機(jī)器都執(zhí)行一個(gè)命令時(shí)，總不能真的登錄每一臺(tái)吧。那這里就起一個(gè)簡(jiǎn)單的命令分發(fā)執(zhí)行腳本。

0、確保腳本所在的機(jī)器能夠免密登錄到集群其他機(jī)器

SSH免密登錄配置

1、將集群的IP都寫(xiě)入一個(gè)文件中

2、編寫(xiě)命令分發(fā)腳本

如果機(jī)器數(shù)量少，可以替換第三行語(yǔ)句為

如果機(jī)器IP配置的映射名有規(guī)律，也可以替換第三行語(yǔ)句為

同時(shí)后面的 $i 替換為 hadoop$i?

3、測(cè)試

linux下如何寫(xiě)個(gè)SHELL腳本，每天執(zhí)行這么幾句命令：

1、登錄CentOS7系統(tǒng)，打開(kāi)終端，輸入命令env shell打印出shell進(jìn)程的環(huán)境變量。

2、本地變量只存在當(dāng)前shell進(jìn)程。新建一個(gè)本地變量MYVAR=myvalue注意等號(hào)兩邊不能有空格。

3、查看本地變量set查看指定本地變量set | grep MYVAR。

4、導(dǎo)出本地變量為環(huán)境變量export MYVAR。

5、刪除本地變量或環(huán)境變量unset MYVAR即可。

linux shell腳本執(zhí)行命令詳解

在Linux下，如果你需要執(zhí)行shell腳本，那么應(yīng)該使用那個(gè)命令呢?下面由我為大家整理了linux shell腳本執(zhí)行命令的相關(guān)知識(shí)，希望對(duì)大家有幫助!

linux shell腳本執(zhí)行

linux shell腳本執(zhí)行方法一： 切換到shell腳本所在的目錄(此時(shí)，稱為工作目錄)執(zhí)行shell腳本：

cd /data/shell

./hello.sh

./的意思是說(shuō)在當(dāng)前的工作目錄下執(zhí)行hello.sh。如果不加上./，bash可能會(huì)響應(yīng)找到不到hello.sh的錯(cuò)誤信息。因?yàn)槟壳暗墓ぷ髂夸?/data/shell)可能不在執(zhí)行程序默認(rèn)的搜索路徑之列,也就是說(shuō)，不在環(huán)境變量PASH的內(nèi)容之中。查看PATH的內(nèi)容可用 echo $PASH 命令?，F(xiàn)在的/data/shell就不在環(huán)境變量PASH中的，所以必須加上./才可執(zhí)行。

linux shell腳本執(zhí)行方法二： 以絕對(duì)路徑的方式去執(zhí)行bash shell腳本：

/data/shell/hello.sh

　 　linux shell腳本執(zhí)行方法三： 直接使用bash 或sh 來(lái)執(zhí)行bash shell腳本：

cd /data/shell

bash hello.sh

或

cd /data/shell

sh hello.sh

注意，若是以方法三的方式來(lái)執(zhí)行，那么，可以不必事先設(shè)定shell的執(zhí)行權(quán)限，甚至都不用寫(xiě)shell文件中的第一行(指定bash路徑)。因?yàn)榉椒ㄈ菍ello.sh作為參數(shù)傳給sh(bash)命令來(lái)執(zhí)行的。這時(shí)不是hello.sh自己來(lái)執(zhí)行，而是被人家調(diào)用執(zhí)行，所以不要執(zhí)行權(quán)限。那么不用指定bash路徑自然也好理解了啊。

linux shell腳本執(zhí)行方法四： 在當(dāng)前的shell環(huán)境中執(zhí)行bash shell腳本：

cd /data/shell

. hello.sh

或

cd /data/shell

source hello.sh

前三種方法執(zhí)行shell腳本時(shí)都是在當(dāng)前shell(稱為父shell)開(kāi)啟一個(gè)子shell環(huán)境，此shell腳本就在這個(gè)子shell環(huán)境中執(zhí)行。shell腳本執(zhí)行完后子shell環(huán)境隨即關(guān)閉，然后又回到父shell中。而方法四則是在當(dāng)前shell中執(zhí)行的。

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本文來(lái)源：http://muchs.cn/article0/ddcsgoo.html

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