環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫circBase怎么理解

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circBase是一個(gè)環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫,收錄了人類,小鼠等多個(gè)物種的環(huán)狀RNA信息，采用了find_circ軟件來預(yù)測去核糖體文庫中的環(huán)狀RNA,該數(shù)據(jù)庫的 網(wǎng)址如下

http://www.circbase.org/

在該數(shù)據(jù)庫中,環(huán)狀RNA的ID以物種的三字母縮寫開頭，比如hsa_circ_0018046,記錄了circRNA的頭尾在染色體上的為位置，來源基因，序列等信息。通過以下3種方式可以檢索該數(shù)據(jù)庫

1. 直接檢索

在主頁的檢索框中，可以根據(jù)環(huán)狀RNA的ID, 來源基因的名稱，轉(zhuǎn)錄本名稱等多種方式進(jìn)行檢索

檢索結(jié)果示意如下

軟件通過檢測覆蓋連接點(diǎn)兩側(cè)的reads來識別環(huán)狀RNA,對于一個(gè)環(huán)狀RNA,只能夠給出其頭尾在染色體上的位置和正負(fù)鏈信息, 檢索結(jié)果中的genomic length對應(yīng)的就是基因組上環(huán)狀RNA頭尾之間的長度。

同時(shí)還提供了環(huán)狀RNA對應(yīng)的染色體區(qū)域上的重復(fù)元件和基因組特征的注釋。

對于環(huán)狀RNA的序列信息，根據(jù)頭尾的染色體位置去和已知的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行比較，選擇一個(gè)最佳的轉(zhuǎn)錄本，即best transciprt作為參照，然后確定剪切之后環(huán)狀RNA的序列，從而得到spliced length。 需要注意的是，這種方式得到的序列只是一個(gè)生信預(yù)測的結(jié)果，后續(xù)還是需要實(shí)驗(yàn)手段來驗(yàn)證的。

檢索結(jié)果支持導(dǎo)出xlsx, txt, csv等多種格式，也可以導(dǎo)出環(huán)狀RNA的序列,示意如下

支持導(dǎo)出基因組序列和剪切之后的序列，還可以向上下游延伸。

2. 列表檢索

通過導(dǎo)航欄的list search, 可以依次檢索多條記錄，示意如下

選擇對應(yīng)的物種，然后輸入多個(gè)需要檢索的ID即可。

3. table browser

和UCSC的table  browser類似，提供了更加靈活的篩選策略，檢索框示意如下

通過blat按鈕,可以輸入fasta格式的查詢序列，然后和數(shù)據(jù)庫中的circRNA序列進(jìn)行比較，示意如下

查詢結(jié)果如下所示

該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的，可以下載物種對應(yīng)的環(huán)狀RNA的列表，也可以下載對應(yīng)的序列，同時(shí)還提供了find_circ軟件的源代碼，可以用于分析自己的測序數(shù)據(jù)中的circRNA。

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