PromoterCaptureHi-C工具有什么用

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Hi-C文庫一次可以獲取全基因組范圍內(nèi)互作的染色質(zhì)片段，可以從全基因組的高度來研究染色質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)特征。在Hi-C圖譜中，染色質(zhì)互作頻率通過兩個bin之間junction reads的數(shù)量來表示，和測序深度的概念類似，只有達(dá)到一定量的測序深度時才能夠認(rèn)為其代表的染色質(zhì)互作信息是可靠的。

通常情況下，可以用于構(gòu)建Hi-C圖譜的有效reads的比例在50%左右，這樣的一個利用率就要求原始的測序量相比其他組學(xué)要更多。

同時對于Hi-C圖譜又有一個分辨率的說法，不同分辨率用于分析和識別不同層級的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，目前一個常用的說法是只有保證80%的bin之間的junction reads的個數(shù)在1000以上時，才表明數(shù)據(jù)適用于bin長度對應(yīng)的分辨率。

目前測序深度和分辨率之間并沒有一個明確的對應(yīng)關(guān)系，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)值，測序深度在100X時，分辨率可以得到40kb左右，這樣的一個分辨率也僅僅能達(dá)到TAD分析的要求，25kb和5kb分辨率對于測序深度的要求就更高了。

實(shí)驗(yàn)有效率和數(shù)據(jù)分辨率的要求都使得Hi-C文庫的測序量必須非常的大，這樣僅僅測序成本就非常的高了。

如果僅僅只是分析部分染色質(zhì)片段之間的互作，最經(jīng)典的莫過于研究promoter與其他染色質(zhì)片段的互作，比如研究enhancer-promoter的互作，此時利用全基因組的Hi-C文庫代價太大，而傳統(tǒng)的3C,4C又無法滿足要求?；谶@樣的一個需求驅(qū)動，Promoter Capture Hi-C技術(shù)應(yīng)用而生。

Capture Hi-C技術(shù)就是在傳統(tǒng)Hi-C文庫的基礎(chǔ)上，新增了一個捕獲的過程，捕獲目的片段用于后續(xù)的測序。Hi-C和Capture Hi-C的關(guān)系就好比全基因組測序和全外顯子測序，Hi-C可以得到更加全面的信息，但是代價高昂，而Capture Hi-C只針對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行研究，同樣的測序成本可以達(dá)到更高的測序深度，信息更加可靠，更加經(jīng)濟(jì)適用。

Promoter Capture Hi-C的文庫構(gòu)建示意如下

核心就是在Hi-C文庫之后，用設(shè)計的探針捕獲promoter相關(guān)的reads,然后在進(jìn)行測序。在測序深度足夠的情況下，可以直接得到啟動子區(qū)與其他染色質(zhì)片段互作的可靠信息。

如果只想通過Hi-C技術(shù)來研究啟動子的互作，Promoter Capture Hi-C無疑是更好的選擇。

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