circinteractome數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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RNA binding protein, 簡(jiǎn)稱RBP,稱之為RNA結(jié)合蛋白，是一類調(diào)控RNA代謝過(guò)程的蛋白質(zhì)，主要作用是介導(dǎo)RNA的成熟，轉(zhuǎn)運(yùn)，定位和翻譯等過(guò)程；miRNA是一類長(zhǎng)度在21bp左右的小RNA,可以結(jié)合到靶標(biāo)RNA上，抑制其翻譯或者使其降解，發(fā)揮一個(gè)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控作用，這兩種物質(zhì)都具有非常重要的RNA調(diào)控作用。

隨著高通量測(cè)序和生物信息的發(fā)展，識(shí)別到的環(huán)狀RNA數(shù)量在不斷增加，但是大部分環(huán)狀RNA的生物學(xué)功能仍然是未知的。為了探究環(huán)狀RNA的功能，有學(xué)者整理了環(huán)狀RNA與RBP，miRNA之間的調(diào)控信息，構(gòu)建了circinteractome數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html

數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的流程示意如下

從circbase獲取環(huán)狀RNA基因組位置信息，通過(guò)UCSC提取環(huán)狀RNA的序列，利用環(huán)狀RNA頭尾相連構(gòu)成的junction reads，查詢CLIP等數(shù)據(jù)分析結(jié)果，得到環(huán)狀RNA與RBP蛋白的結(jié)合信息，設(shè)計(jì)驗(yàn)證環(huán)狀RNA的PCR引物，查詢siRNA位點(diǎn)；利用環(huán)狀RNA全長(zhǎng)序列，查詢RBP結(jié)合位點(diǎn)，miRNA結(jié)合位點(diǎn)，以及IRES位點(diǎn)。

通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)，可以實(shí)現(xiàn)以下功能

1. circRNA

查詢環(huán)狀RNA的基本信息，包括環(huán)狀RNA ID，染色體位置，來(lái)源基因，RBP結(jié)合等信息，結(jié)果示意如下

2. RBP on CircRNA

查詢環(huán)狀RNA上的RNA蛋白結(jié)合位點(diǎn)，結(jié)果示意如下

3. miRNA target Sites

查詢環(huán)狀RNA上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)，通過(guò)targetscan軟件來(lái)預(yù)測(cè)，結(jié)果示意如下

4.  Divergent Primers

通過(guò)PCR擴(kuò)增環(huán)狀RNA序列時(shí)，PCR引物的方向和常規(guī)線性RNA的是不同的，圖示如下

在實(shí)際操作中，從環(huán)狀RNA連接點(diǎn)兩側(cè)各取50到100bp的序列來(lái)設(shè)計(jì)PCR引物，數(shù)據(jù)庫(kù)中給出的結(jié)果如下所示

5. siRNA  design

siRNA稱之為小干擾RNA，是一種長(zhǎng)度在20-25bp范圍內(nèi)的雙鏈RNA,作用和miRNA類似，可以與靶標(biāo)RNA結(jié)合，具有調(diào)控基因表達(dá)的功能。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)可以查詢環(huán)狀RNA可能的siRNA結(jié)合序列，從而幫助我們?cè)O(shè)計(jì)siRNA,結(jié)果示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)不僅提供了環(huán)狀RNA與RBP,miRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，還可以幫助我們?cè)O(shè)計(jì)PCR引物來(lái)驗(yàn)證環(huán)狀RNA，或者設(shè)計(jì)siRNA干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)

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