如何使用UPORA對(duì)peak進(jìn)行注釋

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用UPORA對(duì)peak進(jìn)行注釋”，感興趣的朋友不妨來(lái)看看。本文介紹的方法操作簡(jiǎn)單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來(lái)帶大家學(xué)習(xí)“如何使用UPORA對(duì)peak進(jìn)行注釋”吧!

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UROPA是一個(gè)命令行工具，可以對(duì)基因組區(qū)域進(jìn)行注釋?zhuān)@里的基因組區(qū)域要求是BED格式，比如chip，ATAC_seq等數(shù)據(jù)產(chǎn)生的peak區(qū)間。同時(shí)需要提供一個(gè)GTF格式的基因組注釋信息，比如從UCSC,ensemble,ncbi等數(shù)據(jù)庫(kù)下載的參考基因組文件。在注釋結(jié)果中不僅給出了peak在基因組中的定位，還會(huì)給出對(duì)應(yīng)的正負(fù)鏈，與基因的距離，對(duì)應(yīng)的基因類(lèi)型等較為全面的注釋信息。官方文檔網(wǎng)址如下

https://uropa-manual.readthedocs.io/introduction.html

該軟件根據(jù)peak的中心與基因的相對(duì)位置，將peak的基因組定位劃分為以下幾種類(lèi)型，示意如下

提供了多種安裝方式，這里我采用的是直接拉取官方的docker鏡像，用法如下

docker pull loosolab/uropa

該軟件需要三個(gè)輸入文件：

1. GTF格式的注釋文件

2. BED格式的peak文件

3. JSON格式的配置文件

用法也比較簡(jiǎn)便， 我使用官方的是測(cè)試數(shù)據(jù)，步驟如下

1. 下載GTF格式的基因組注釋文件

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf.gz

2.下載bed格式的peak區(qū)間文件

wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF966LMJ/@@download/ENCFF966LMJ.bed.gz
gunzip ENCFF966LMJ.bed.gz

3.  準(zhǔn)備JSON格式的配置文件

配置文件內(nèi)容如下

{
"queries": [
       {"feature":"gene", "distance":5000, "feature.anchor": "start", "show.attributes":"gene_name"},
       {"feature": "gene","distance":5000, "feature.anchor":"center"}],
"priority" : "False",
"gtf": "/home/soft/uropa/Homo_sapiens.GRCh47.75.gtf",
"bed": "/home/soft/research/uropa/ENCFF966LMJ.bed"
}

配置文件命名為config.json, 代碼如下

docker run \
--rm \
-v /home:/home \
loosolab/uropa \
uropa \
-i /home/soft/uropa/config.json
\-p /home/soft/uropa/uropa

-i參數(shù)指定配置文件的路徑，-p指定輸出文件的前綴。輸出文件如下

├── uropa_allhits.txt
├── uropa_besthits.txt
└── uropa_finalhits.txt

這三個(gè)文件內(nèi)容相同，只是行數(shù)不同，內(nèi)容示意如下

軟件會(huì)自動(dòng)給每一個(gè)peak一個(gè)id, 可以直觀的看到peak與基因之間的關(guān)系，更多用法和細(xì)節(jié)請(qǐng)參考官方文檔。

到此，相信大家對(duì)“如何使用UPORA對(duì)peak進(jìn)行注釋”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢(xún)，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

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