TFTG數(shù)據(jù)庫有什么用

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研究轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因有兩種常用的手段，第一種就是利用chip-seq等方式，研究特定轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位置，從而判斷其調(diào)控的基因，因?yàn)橛袑?shí)驗(yàn)證據(jù)的支持，所以這種方式得到的調(diào)控基因會更加可信，存在的問題就是peak calling時的假陽性率問題。

另外一種方式是建立在轉(zhuǎn)錄因子的motif已知的情況下，可以采用FIMO等軟件在基因的啟動子序列上進(jìn)行查找，如果能夠匹配上，說明該基因可能是靶基因，這種方式就是單純的通過計算手段來預(yù)測靶基因，相對而言，假陽性率會更高。

TFTG數(shù)據(jù)庫全稱是Transcription Factor Target Gene Databse, 是一個轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫結(jié)合實(shí)驗(yàn)手段和分析手段來研究轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系，示意圖如下

對于轉(zhuǎn)錄因子USF1而言，其motif已知，首先利用FIMO軟件在基因的啟動子去查找對應(yīng)的motif, 這里啟動子區(qū)定義為轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)TSS上下游5KB, 通過這種方式找到了3個候選的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)TFBS。

然后根據(jù)DNAse-seq的結(jié)果，可以排除第三個位點(diǎn)，因?yàn)槠淙旧|(zhì)不是開放狀態(tài)，然后根據(jù)DGF印跡法的結(jié)果，排除了第一個位點(diǎn)，在該位點(diǎn)沒有任何的印跡。最后結(jié)合該轉(zhuǎn)錄因子的chip-seq實(shí)驗(yàn)的結(jié)果，基本可以確定第二個候選位點(diǎn)是一個真實(shí)的TFBS。

該數(shù)據(jù)庫綜合利用上述多種實(shí)驗(yàn)和分析手段，最終構(gòu)建出一個高可信度的轉(zhuǎn)錄因子靶基因調(diào)控數(shù)據(jù)集。通過官網(wǎng)的檢索功能，可以查看某個基因或者轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

對于轉(zhuǎn)錄因子而言，以TP53_MA0106.1為例，檢索結(jié)果包含了以下信息

1. sequence logo

2. 轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的靶基因

對于基因而言，以AACS為例，檢索結(jié)果包含了以下信息

1. 基本信息

2. TFBS

該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的，提供了以下兩種數(shù)據(jù)

excel文件中保存的是所有轉(zhuǎn)錄因子的名字，對應(yīng)的基因信息，示意如下

壓縮文件中保存的是每個轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的靶基因信息。通過該數(shù)據(jù)庫，我們不僅可以得到轉(zhuǎn)錄因子對應(yīng)的靶基因信息，更加值得借鑒的是它解決問題的思路，綜合實(shí)驗(yàn)手段和計算手段來降低假陽性率。

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新聞名稱：TFTG數(shù)據(jù)庫有什么用
文章地址：http://muchs.cn/article14/pgdhde.html

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