怎么把shiny網(wǎng)頁工具部署在云服務(wù)器

緣由

我們課題組有一份油菜的核心種質(zhì)資源，前幾年經(jīng)重測序之后已經(jīng)發(fā)表了。但是課題組后面很多的項目都基于這份核心種質(zhì)資源，實驗室成員常常需要檢索分析某些基因的特定SNP，所以我在自學(xué)了一段時間的Shiny之后就嘗試著搭建了一個Shiny app并利用Shiny-server部署在課題組的服務(wù)器上，但是由于我開發(fā)的這個Shiny app本來就打開比較慢，加上很多時候服務(wù)器負(fù)荷運行，導(dǎo)致Shiny app打開速度就更慢了，有的時候甚至加載時間過長直接打不開。恰巧我緊跟生信技能樹推文更新，了解到可以搞個云服務(wù)器來部署Shiny應(yīng)用。

購買服務(wù)器

一開始@思考問題的熊建議我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny應(yīng)用，看名字就知道這是RStudio專門開發(fā)的用于部署Shiny應(yīng)用的一個服務(wù)器，有免費版也有企業(yè)版的，對于我來說免費版的就足夠了，具體使用可以參考官方手冊，我這里不講，因為我的應(yīng)用無法部署上去，我使用到的一個包genetics顯示來源有問題，不兼容。具體就是這個包我是從CRAN安裝的，但是利用rsconnect檢測的時候顯示genetics的來源是BioConductor，這就很尷尬了，Google發(fā)現(xiàn)很多用戶都遇到個類似的問題，有的解決辦法是從GitHub上安裝繞過了這個問題，genetics好像不能通過GitHub安裝，所以沒辦法只能棄之，自己購買一個云服務(wù)器進(jìn)行部署。

服務(wù)器產(chǎn)商很多，國外的AWS我也嘗試注冊過，它提供為期一年的免費試用，但是注冊激活的時候需要填信用卡信息，我沒有，只能放棄，轉(zhuǎn)向國內(nèi)的云服務(wù)器。國內(nèi)的服務(wù)器主要有阿里云aliyun、騰訊云Tencent Cloud以及華為云HUAWEI CLOUD等，生信技能樹也專門寫了推文介紹，有需要的朋友關(guān)注生信技能樹看推文哈！

我最后選了阿里云，先進(jìn)入阿里云,注冊登錄，然后學(xué)生認(rèn)證。

我直接購買了一年的學(xué)生套餐，瞄了一眼，發(fā)現(xiàn)還能領(lǐng)個20元的優(yōu)惠券：

最后94元就買一年的最低配（1核2G，1M帶框，40G云盤）的服務(wù)器，我主要是用來部署服務(wù)器，所以容易足夠了。地域選擇的話我選了華東（杭州），我不記得在哪看了篇博客，里面測試發(fā)現(xiàn)不同區(qū)域之間差別不大，所以我也沒糾結(jié)，就選了所在城市地域。系統(tǒng)我就選了Ubuntu16.04 64位（好像只有這一個Ubuntu版本可選）

購買之后進(jìn)入控制臺，里面有云服務(wù)器的詳細(xì)信息，對我最有用的話就是有個公網(wǎng)IP了，這樣我的Shiny app全世界都能訪問了！

配置服務(wù)器

有了云服務(wù)器就能各種折騰了，我已經(jīng)折騰過好幾臺服務(wù)器了，所以比較順利就安裝配置好了部署環(huán)境，新手的話參考生信技能樹的帖子：如果有一個新的服務(wù)器你會做什么？，基本能順利地走通。

我這里就只講一下安裝Shiny-server，默認(rèn)你已經(jīng)安裝了R語言以及Shiny包：

首先進(jìn)入官網(wǎng)下載，里面有詳細(xì)的安裝方法：

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb

安裝好之后，會自動創(chuàng)建shiny用戶。

需要注意的是，你購買的云服務(wù)器你進(jìn)去之后實際上是root用戶登錄的，我一開始部署的時候由于安裝的包都是root用戶安裝的，所以就修改了配置問題，用root用戶運行Shiny-server，開始的時候運行正常，后面突然莫名其妙就運行不了，所以我最后不得不將所有R包都刪了，然后以shiny用戶登錄。

shiny用戶登錄好之后，我先進(jìn)行了一下設(shè)置，主要是R語言以及shiny-server設(shè)置：

# vi .Rprofile
Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")
options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# vi .Renviron
R_LIBS=/home/shiny/R_Library

然后shiny-server配置文件如下：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
preserve_logs true;
sanitize_errors false;
run_as shiny;

# Define a server that listens on port 3838
server {
  listen 3838;

  # Define a location at the base URL
  location / {

    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

然后就是安裝各種需要用到的R包了，這里不講，網(wǎng)上教程太多了，ubuntu學(xué)徒安裝R包失敗可以肯定的是遇到各種依賴缺失的問題，這個時候就Google或者百度了，缺啥補啥！

需要注意的是，由于我購買的是最低配的服務(wù)器，所以有些需要編譯的R包有時候會由于內(nèi)存不足，編譯安裝失敗，這個時候我的建議是多安裝幾次，總會成功的！

所有準(zhǔn)備環(huán)境準(zhǔn)備好了之后，就可以將Shiny app文件上傳到/srv/shiny-server目錄里面，可能需要修改目錄所屬權(quán)限：

sudo chown -R shiny:shiny shiny-server

剩下就差最后最后一步了，云服務(wù)器多了個安全組，需要進(jìn)入控制臺進(jìn)行設(shè)置：（左邊側(cè)欄）網(wǎng)絡(luò)與安全-安全組，進(jìn)入之后手動添加開通3838端口就行了。此時瀏覽器打開 http://公網(wǎng)ip:3838/app名  就可以看到自己部署的應(yīng)用了！我這次部署了兩個應(yīng)用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas  ，目前運行良好，打開速度也還行！