PHDF5并行hdf5按列讀寫（Columns）-創(chuàng)新互聯(lián)

PHDF5并行寫入數(shù)據(jù)是發(fā)起多個進程，被發(fā)起進程按照某一規(guī)則寫入數(shù)據(jù)到指定位置。

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用C語言編寫一個連續(xù)的hyperlab.

在本例中，有一個8(行)x 6(列)的數(shù)據(jù)集，每個進程向數(shù)據(jù)集寫入相同數(shù)量的列。

在本例中，有兩個進程寫入同一個數(shù)據(jù)集，每個進程寫入數(shù)據(jù)集中的每一列。對于每個進程，文件中的hyperlab設(shè)置如下:?

89      count[0] = 1;
    90      count[1] = dimsm[1];
    91      offset[0] = 0;
    92      offset[1] = mpi_rank;
    93      stride[0] = 1;
    94      stride[1] = 2;
    95      block[0] = dimsf[0];
    96      block[1] = 1;

維度1的步幅為2，表示沿著這個維度的每一個其他位置都將寫入。步幅為1表示將寫入一個維度上的每個位置。

對于兩個進程，mpi_rank將是0或1。因此:

進程0寫偶數(shù)列(0,2,4…)
進程1寫入奇數(shù)列(1,3,5…)

塊大小允許每個進程將一列數(shù)據(jù)寫入數(shù)據(jù)集中的每個其他位置。

下面是這個例子創(chuàng)建的HDF5文件的h5dump的輸出:

HDF5 "SDS_col.h5" {
GROUP "/" {
   DATASET "IntArray" {
      DATATYPE  H5T_STD_I32BE  
      DATASPACE  SIMPLE { ( 8, 6 ) / ( 8, 6 ) } 
      DATA {
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200,
         1, 2, 10, 20, 100, 200
      } 
   } 
}

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文章來源：http://muchs.cn/article18/cocpdp.html

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