如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖

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一 載入數(shù)據(jù)集和R包

library(ggplot2)pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)head(pathway)

不同軟件得到的KEGG結(jié)果的列名稱可能不一致，但是這幾列幾乎都會(huì)有。

二 繪制KEGG氣泡圖

2.1初始化數(shù)據(jù)并繪制散點(diǎn)圖

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point()

可在以下幾個(gè)方面進(jìn)行優(yōu)化：

A：標(biāo)題，橫縱坐標(biāo)軸；

B：按照通路上基因的多少定義點(diǎn)的大??；

C：根據(jù)P值定義點(diǎn)的顏色；

2.2 修改點(diǎn)的大小

#按照Gene個(gè)數(shù)定義點(diǎn)的大小ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() +geom_point(aes(size=Gene))

2.3 修改點(diǎn)的顏色

#定義連續(xù)型的配色ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")

三 匯總展示

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene",  ##expression函數(shù)定義函數(shù)樣式 []添加下標(biāo)，^添加上標(biāo)x="Pvalue",      ##自定義標(biāo)軸y="Pathway name",title="Pathway enrichment")+ ##自定義坐標(biāo)軸theme_bw() #去掉背景

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