怎么使用ASProfile分析可變剪切事件

怎么使用ASProfile分析可變剪切事件，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

創(chuàng)新互聯(lián)建站專注于高州網(wǎng)站建設(shè)服務(wù)及定制，我們擁有豐富的企業(yè)做網(wǎng)站經(jīng)驗(yàn)。 熱誠為您提供高州營銷型網(wǎng)站建設(shè)，高州網(wǎng)站制作、高州網(wǎng)頁設(shè)計(jì)、高州網(wǎng)站官網(wǎng)定制、微信小程序定制開發(fā)服務(wù)，打造高州網(wǎng)絡(luò)公司原創(chuàng)品牌,更為您提供高州網(wǎng)站排名全網(wǎng)營銷落地服務(wù)。

ASprofile是一款識(shí)別可變剪切事件的軟件，該軟件可以直接將同一個(gè)基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行比較，從而鑒定可變剪切事件。該軟件安裝比較簡單，下載解壓縮即可?；居梅ㄈ缦?/p>

extract-as  \
transcript.gtf \
ref.fa.hdrs > as_events.txt

該腳本需要兩個(gè)參數(shù)，第一個(gè)參數(shù)為轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的gtf文件，在實(shí)際分析時(shí)，首先利用cufflinks或者stringTie從測序數(shù)據(jù)中組裝到轉(zhuǎn)錄本序列，然后將組裝的轉(zhuǎn)錄本與已知的轉(zhuǎn)錄本合并去冗余，用merge之后的非冗余轉(zhuǎn)錄本序列作為輸入；第二個(gè)參數(shù)為基因組長度統(tǒng)計(jì)文件，后綴為hdrs, 內(nèi)容如下

>chr1 /len=249250621 /nonNlen=225280621 /org=Homo_Sapiens(hg19)
>chr2 /len=243199373 /nonNlen=238204518 /org=Homo_Sapiens(hg19)
>chr3 /len=198022430 /nonNlen=194797135 /org=Homo_Sapiens(hg19)

每一行代表一條染色體，分別給出總長度，去除N堿基之后的長度以及物種信息。最后生成的文件中會(huì)給出不同可變剪切事件的詳細(xì)結(jié)果。Asprofile中的可變剪切類型定義如下

1. 外顯子跳躍

外顯子跳躍的定義如下

分別用on和off表示發(fā)生了外顯子跳躍前后的轉(zhuǎn)錄本，X前綴表示外顯子的邊界非精確配對，和之前的exon相比，差了幾個(gè)bp。

單個(gè)外顯子跳躍稱之為exon skipping, 用SKIP表示，示意如下

多個(gè)外顯子跳躍稱之為cassette exons, 用MSKIP表示， 示意如下

2. 內(nèi)含子保留

內(nèi)含子保留的定義如下

分別用off和on表示發(fā)生內(nèi)含子保留前后的轉(zhuǎn)錄本，X前綴表示外顯子的邊界非精確配對，和之前的exon相比，差了幾個(gè)bp。

單個(gè)內(nèi)含子保留稱之為retention of single intron， 用IR表示，示意如下

多個(gè)內(nèi)含子保留稱之為retention of multiple introns，用MIR表示，示意如下

3.  外顯子替換

外顯子替換稱之為alternative exon, 用AE表示，示意如下

包含各種情況，比如exon的5’端不變，3’端發(fā)生變化，示意如下

exon的3’端不變，5’端發(fā)生變化，示意如下

exon的3’端和5’端同時(shí)發(fā)生變化，示意如下

4. 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的替換

轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的替換稱之為alternative transcript start, 用TSS表示，示意如下

5. 轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)的替換

轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的替換稱之為alternative transcript termination, 用TTS表示，和TSS類似，只不過是3’末端位置發(fā)生了改變，示意如下

上述文件中可變剪切事件是以轉(zhuǎn)錄本為單位進(jìn)行展示的，每行代表一個(gè)轉(zhuǎn)錄本，存在冗余，當(dāng)我們想要知道某個(gè)基因上發(fā)生的可變剪切的類型和數(shù)量時(shí)，該文件就不夠直觀，官方提供了summarize_as.pl腳本，可以方便的得到非冗余的可變剪切事件以及每個(gè)基因可變剪切事件的匯總信息，用法如下

perl summarize_as.pl  \
transcript.gtf \
as.events.txt \
-p prefix

該腳本會(huì)生成兩個(gè)文件，后綴為nr的文件中，是非冗余的可變剪切事件；后綴為summary的文件中是每個(gè)基因可變剪切的類型統(tǒng)計(jì)，示意如下

通過Asprofile, 可以直接對同一個(gè)基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行比較，從而鑒別不同的可變剪切事件，除此之外，Asprofile還提供了定量的功能, 可以計(jì)算fpkm值，通過collect_fpkm.pl腳本可以匯總多個(gè)樣本的可變剪切結(jié)果，用法如下

perl collect_fpkm.pl sampleA.AS,sampleB.AS -s txt

多個(gè)樣本用逗號(hào)連接，-s指定對應(yīng)文件的后綴，通過樣本名字加后綴識(shí)別對應(yīng)的文件。該腳本會(huì)給出每個(gè)可變剪切事件在樣本中的比例，基于這個(gè)比例我們可以進(jìn)行差異分析。更多用法請參考官方說明和腳本的幫助文檔。

看完上述內(nèi)容是否對您有幫助呢？如果還想對相關(guān)知識(shí)有進(jìn)一步的了解或閱讀更多相關(guān)文章，請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝您對創(chuàng)新互聯(lián)的支持。

當(dāng)前標(biāo)題：怎么使用ASProfile分析可變剪切事件
網(wǎng)址分享：http://muchs.cn/article24/ieghce.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供商城網(wǎng)站、移動(dòng)網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站內(nèi)鏈、面包屑導(dǎo)航、定制網(wǎng)站、網(wǎng)站收錄

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)