gencode數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)gencode數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

成都創(chuàng)新互聯(lián)公司專注于應(yīng)縣網(wǎng)站建設(shè)服務(wù)及定制，我們擁有豐富的企業(yè)做網(wǎng)站經(jīng)驗(yàn)。 熱誠(chéng)為您提供應(yīng)縣營(yíng)銷型網(wǎng)站建設(shè)，應(yīng)縣網(wǎng)站制作、應(yīng)縣網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)、應(yīng)縣網(wǎng)站官網(wǎng)定制、小程序開發(fā)服務(wù)，打造應(yīng)縣網(wǎng)絡(luò)公司原創(chuàng)品牌,更為您提供應(yīng)縣網(wǎng)站排名全網(wǎng)營(yíng)銷落地服務(wù)。

對(duì)于人和小鼠而言，NCBI, Ensembl等數(shù)據(jù)庫(kù)都保存了對(duì)應(yīng)的基因注釋信息，不同數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息來(lái)源和可信度都不一樣，gencode綜合HAVANA和Ensembl 數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息，通過(guò)實(shí)驗(yàn)手段加以驗(yàn)證，從而構(gòu)建一個(gè)高質(zhì)量的注釋信息數(shù)據(jù)庫(kù)。網(wǎng)址如下

https://www.gencodegenes.org/

官網(wǎng)提供了GTF和GFF3兩種格式的文件以供下載，示意如下

每種類型的文件提供了3種區(qū)域

1. CHR

2. ALL

3. PRI

對(duì)于基因組而言，包括了chromsome，unplaced_scaffold, alt_scaffold, patch等序列，這些序列上都存在對(duì)應(yīng)的基因。CHR指的是染色體級(jí)別的信息，包括細(xì)胞核內(nèi)的染色體和線粒體；ALL包括所有的序列，PRI只包含染色體和unplaced_scaffold序列上的信息。官方推薦，使用CHR級(jí)別的信息。

文件中采用level來(lái)表示注釋信息的可信度，目前共包括3個(gè)level。

level1代表可靠的注釋信息，有直接的實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的注釋信息；level2代表的是經(jīng)過(guò)人工校對(duì)的注釋信息，取HAVANA和Ensembl注釋信息中一致的注釋信息；level3指的是軟件注釋的信息，通常是Ensemble中和HAVANA不一致的注釋信息。

如果想要得到更高可信度的注釋信息，可以根據(jù)level進(jìn)行過(guò)濾，只選擇1和2這兩個(gè)層級(jí)的注釋信息。

文件中共包含的基因和轉(zhuǎn)錄本的個(gè)數(shù)統(tǒng)計(jì)如下

1. human

2. mouse

在文件中，會(huì)給出基因或者轉(zhuǎn)錄本的類型信息，解釋如下

1. protein_coding
   蛋白編碼基因

2. lincRNA
   位于基因間區(qū)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA

3. non_coding
   文獻(xiàn)中證實(shí)的非編碼RNA

關(guān)于“gencode數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，使各位可以學(xué)到更多知識(shí)，如果覺得文章不錯(cuò)，請(qǐng)把它分享出去讓更多的人看到。

分享名稱：gencode數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
分享路徑：http://muchs.cn/article24/ipjije.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供定制開發(fā)、建站公司、面包屑導(dǎo)航、動(dòng)態(tài)網(wǎng)站、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)公司、做網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來(lái)源： 創(chuàng)新互聯(lián)