PlantCircNet數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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PlantCircNet數(shù)據(jù)庫(kù)提供了植物相關(guān)的circRNA-miRNA-gene構(gòu)成的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)信息，網(wǎng)址如下

http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php

該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了以下8個(gè)物種的ceRNA信息

1. Arabidopsis thaliana

2. Brachypodium distachyon

3. Glycine max

4. Hordeum vulgare

5. Oryza sativa

6. Solanum lycopersicum

7. Triticum aestivum

8. Zea mays

官網(wǎng)包含以下幾種功能

1. search

提供了多種檢索方式，基本檢索功能支持輸入環(huán)狀RNA來(lái)源基因的名字和miRNA的名稱(chēng)，來(lái)查詢對(duì)應(yīng)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)，示意如下

檢索結(jié)果如下所示，不同形狀的節(jié)點(diǎn)代表不同的RNA,具體的對(duì)應(yīng)關(guān)系可以查看圖例，點(diǎn)擊RNA的節(jié)點(diǎn)可以查看該節(jié)點(diǎn)的詳細(xì)信息

2.Browse

通過(guò)選擇物種，可以查看對(duì)應(yīng)的環(huán)狀RNA信息，點(diǎn)擊Details可以查看詳細(xì)信息，示意如下

3. Blast

blast用于將輸入的查詢序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中的環(huán)狀RNA序列進(jìn)行比對(duì)，示意如下

4. Download

提供了環(huán)狀RNA對(duì)應(yīng)的gtf文件和fasta序列文件，以及ceRNA列表供下載，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)是第一個(gè)植物方面的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)，研究植物的ceRNA可以參考該數(shù)據(jù)庫(kù)。

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文章名稱(chēng)：PlantCircNet數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
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