生信Linux命令 linux生物信息學(xué)

生物學(xué)背景自學(xué)生物信息學(xué),想做這方面的研究,從哪里

R語言也要學(xué)一下，因?yàn)楦闵镄畔W(xué)研究時(shí)必定要作圖的，總得來說，先把Perl學(xué)好吧，這個(gè)是最基本的工具。

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首先，確定你自己的背景專業(yè)，現(xiàn)在很多學(xué)校本科都沒有專門的生物信息學(xué)專業(yè)，都是掛靠在生命學(xué)院或者計(jì)算機(jī)學(xué)院的。所以背景專業(yè)一般都是生物學(xué)或計(jì)算機(jī)學(xué)，不同的專業(yè)將來做生信區(qū)別會(huì)很大。

我在的北大的生物醫(yī)學(xué)工程系里面有健康信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)、計(jì)算生物學(xué)方向，和傳統(tǒng)的生信有一定的差別；真正做生信的人信息科學(xué)院有一撥，生命科學(xué)院還有一撥。不排除數(shù)學(xué)院也有理論研究專家。

學(xué)生物信息，paper肯定是要跟蹤的。這兩個(gè)網(wǎng)站可以經(jīng)常看一下：[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆蓋生物信息有趣的論文， 算法，以及生物科學(xué)問題。這個(gè)網(wǎng)站還匯集了很多生物信息領(lǐng)域科學(xué)家的博客。

生物信息學(xué)與以往的傳統(tǒng)生物學(xué)不同，它本身是一個(gè)混合體，而且在今天看來它應(yīng)當(dāng)還要包含現(xiàn)在的NGS和基因組學(xué)。我認(rèn)為，它重在數(shù)據(jù)，因此在這個(gè)領(lǐng)域中比較重要的是數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)——計(jì)算機(jī)我指的是：編程能力和算法設(shè)計(jì)能力。

腫瘤基因組學(xué)，分子流行病學(xué)和環(huán)境基因組學(xué)，成為系統(tǒng)生物學(xué)的重要研究方法。從發(fā)展不難看出，基因工程已經(jīng)進(jìn)入了后基因組時(shí)代。我們也有應(yīng)對與生物信息學(xué)密切相關(guān)的如機(jī)器學(xué)習(xí)，和數(shù)學(xué)中可能存在的誤導(dǎo)有一個(gè)清楚的認(rèn)識(shí)。

ATAC-seq專題---生信分析流程

1、ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個(gè)部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對、峰檢測、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對各部分內(nèi)容進(jìn)行展開講解。 下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾去除接頭含量過高或低質(zhì)量的reads，得到clean reads用于后續(xù)分析。

2、ChIP-Seq原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP） 特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段 ，并對其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測序。ATAC-seq是 全基因組范圍 內(nèi)，找出所有的OCR。

3、Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2)是一款用于檢測基因富集區(qū)域的軟件。盡管是為ChIP-seq設(shè)計(jì)的，但也適用于ATAC-seq測序及其他有小峰的基因組富集分析。MACS2軟件的主程序是callpeak。

4、染色質(zhì)關(guān)閉：壓縮DNA 這個(gè)過程像我們將文件壓縮為zip或者rar的壓縮包，減少它的占用空間。染色質(zhì)開放：解壓DNA 這個(gè)過程類似于我們要查看剛剛壓縮包里的文件，我們需要解壓后才能查看到文件里的內(nèi)容。

5、生信分析流程構(gòu)建的幾大流派 按照腳本語言流、Common Workflow language 語言流、Makefile流、配置文件流、Jupyter notebook和R markdown流等分為不同流派。

【Linux】生物信息軟件安裝過程

你需要先下載軟件，下載之后解壓，然后根據(jù)提示進(jìn)行操作。

Linux下軟件安裝方法對于Linux初學(xué)者來說，安裝一個(gè)很小的軟件恐怕都是一件很讓人頭疼的事，因?yàn)樵贚inux下安裝軟件不像在 Windows中那樣簡單。

但是在Linux中，安裝應(yīng)用軟件和Windows下有些不同哦。而且對于Linux初學(xué)者來說，安裝軟件是一件很讓人頭疼的事情。

生信為什么用linux

1、因?yàn)樵趯W(xué)校的課程中學(xué)習(xí)Linux是為了給今后學(xué)習(xí)的嵌入式打基礎(chǔ)，所以對于我來說這些知識(shí)是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。我覺得畢竟了解到學(xué)好Linux可以從事系統(tǒng)運(yùn)維工作。

2、對于生信分析人員來說，日常工作，軟件運(yùn)行，跑流程，均在linux下操作。當(dāng)然，也有基于云端的生信分析平臺(tái)，如免費(fèi)的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平臺(tái)。

3、因?yàn)長INUX的先天優(yōu)勢導(dǎo)致嵌入式開發(fā)大多采用LINUX系統(tǒng)：開源，代碼開放，省去了自己編寫的麻煩，節(jié)約成本而且不會(huì)涉及到專利和產(chǎn)權(quán)糾紛。功能齊全，對于很多硬件設(shè)備都有豐富的驅(qū)動(dòng)程序，只需要移植一下，不需要改動(dòng)太多。

4、Windows是封裝，不開發(fā)源代碼的系統(tǒng)，不利于教學(xué)和研究，尤其是研究系統(tǒng)底層的東西，這對于計(jì)算機(jī)系學(xué)生來說是非常重要的，。而Linux是開放源代碼系統(tǒng)，非常適合研究學(xué)習(xí)用。Linux產(chǎn)生的目的就是為了這個(gè)。

5、沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學(xué)習(xí)。這對于生信工程師后續(xù)處理大量 (海量更合適些) 數(shù)據(jù)是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個(gè)有點(diǎn)古板的人，對于腳本是什么意思我都死磕了好久。

當(dāng)前文章：生信Linux命令 linux生物信息學(xué)
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