LncACTdb數(shù)據(jù)庫有什么用

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ceRNA是近年來研究的非?；馃岬囊环N調(diào)控機制，指的是不同RNA分子競爭性的結合miRNA,  通過這種競爭關系來調(diào)控不同RNA的表達，這里的RNA分子可以是mRNA, lncRNA, 甚至是pseudogene。

LncATCdb數(shù)據(jù)庫記錄了疾病相關的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA網(wǎng)絡數(shù)據(jù)，并提供了功能富集分析，網(wǎng)絡圖可視化，生存分析等結果，網(wǎng)址如下

http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html

該數(shù)據(jù)庫中的內(nèi)容分成以下兩個部分

1. predicted data

2. experimental data

軟件預測和實驗驗證兩類，軟件預測指的是利用miRanda等軟件預測lncRNA-miRNA的相互作用，然后去分析ceRNA;而實驗驗證主要是從文獻中整理出來的ceRNA信息。

以軟件預測的結果為例，檢索結果示意如下

點擊Detail可以查看詳細信息，包含以下信息

1. 基本信息

構成該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡的各種RNA分析的名字，相關的疾病等信息，示意如下

除此之外，還包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的詳細結果。lncRNA與miRNA的相互作用使用下圖中的幾個軟件進行預測

mRNA-miRNA的相互作用從數(shù)據(jù)庫中得到，示意如下

2. ceRNA網(wǎng)絡可視化

結果示意如下，采用了圓環(huán)的布局來展示構成了ceRNA關系的lncRNA與mRNA, 由于二者共同結合的miRNA數(shù)量很多，所以在圖中并沒有展示miRNA。

3.  功能富集

對于與lncRNA構成ceRNA關系的蛋白編碼基因，進行GO和KEGG富集分析，結果示意如下

4. 疾病標記物

5.  生存分析

對于ceRNA網(wǎng)絡中的各種RNA分子，利用TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)，進行疾病的生存分析，結果示意如下

除此之外，該數(shù)據(jù)庫還提供了一種在線工具lncACT-Get, 可以上傳自己的表達譜數(shù)據(jù)，然后進行ceRNA分析。

該數(shù)據(jù)庫中的信息是可以免費下載的， 提供了以下8種信息

實驗證據(jù)支持的ceRNA文件內(nèi)容示意如下

通過該數(shù)據(jù)庫，可以得到已有的ceRNA關系，更方便的是，由于數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)存儲了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之間的相互作用關系, 我們可以上傳自己的表達譜數(shù)據(jù)，通過在線工具在識別新的ceRNA網(wǎng)絡。

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網(wǎng)頁題目：LncACTdb數(shù)據(jù)庫有什么用
文章分享：http://muchs.cn/article26/jpdcjg.html

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