circoscolors怎么使用

本篇內(nèi)容主要講解“circos colors怎么使用”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實(shí)用性強(qiáng)。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“circos colors怎么使用”吧!

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顏色屬性是circos中使用頻率最高的屬性，由colors這個(gè)block進(jìn)行設(shè)置，默認(rèn)的配置文件為etc/circos.conf。

在circos中，每種顏色都有一個(gè)唯一的name,通過這個(gè)name來調(diào)用該顏色值。配置文件中定義的就是各種顏色的值，在定義顏色值時(shí)，有以下3種方式

上述三種方式對應(yīng)三套不同的顏色體系，rgb對應(yīng)RGB色彩模式，通過R(red), G(green), B(blue) 三原色的疊加來得到各種顏色，每個(gè)原色的取值范圍為0-255；hsv對應(yīng)HSV顏色模型，H代表色調(diào)，S代表飽和度，V代表明度；lch對應(yīng)LCH顏色空間，L代表亮度，C代表彩度，H代表色相，其中RGB模型運(yùn)用最廣泛，只要掌握這個(gè)模型即可。

顏色定義的寫法如下

red = 255,0,0
red = rgb(255,0,0)
red = hsv(0,1,1)
red = lch(54,105,40)

默認(rèn)使用rgb顏色體系，當(dāng)然也可以通過函數(shù)指定對應(yīng)的顏色體系。

對于常見的顏色，比如red, blue, green, 事先定義了一些列的顏色梯度，以red為例，對應(yīng)的顏色梯度為

vvlred
vlred
lred
red
dred
vdred
vvdred

v代表very, l代表light, d代表dark, vvlred就是very very light red, vvdred 代表very very drak red, 整個(gè)顏色梯度從非常淺的紅色過度到非常深的紅色。我們只需要記住幾種基礎(chǔ)顏色的name, 通過v,l,d前綴就可以得到層次鮮明的多種顏色了。

在etc/colors.conf中，還引入了以下3個(gè)顏色配置文件

colors.brewer.conf
colors.ucsc.conf
colors.hsv.conf

colos.brewer.conf中定義了一系列的color list, 格式如下

palette-numcolors-type-idx

palette 代表顏色梯度的名字；numcolors代表該顏色梯度包含的顏色的數(shù)目；type代表顏色梯度的類型，seq在底色的基礎(chǔ)漸變而成，div則顏色區(qū)分較明顯，qual的各種顏色之間區(qū)分程度組大，idx表示下標(biāo), 示意圖如下

circos colors怎么使用

示例如下

blues-5-seq = blues-5-seq-(\d+)
blues-5-seq-rev = rev(blues-5-seq-(\d+))
blues-5-seq-1 = 239,243,255
blues-5-seq-2 = 189,215,231
blues-5-seq-3 = 107,174,214
blues-5-seq-4 = 49,130,189
blues-5-seq-5 = 8,81,156

blues就是這個(gè)顏色梯度的名字，5表示有這個(gè)顏色梯度有5種顏色, seq代表顏色類型，可以看到都是基于藍(lán)色的漸變，所以是seq類型，1-5定義了5種具體的顏色。

調(diào)用是指定color list的名字就行，一個(gè)color list會有正向和反向兩種顏色梯度，比如blue-5-seq和blue-5-seq-rev, rev代表反向的意思，在使用時(shí)，根據(jù)自己的情況選擇是否反向即可

colors.ucsc.conf定義了ideogram和cytoband的顏色

1. 染色體的顏色

# Default UCSC color scheme for chromosome colors.
chr1 = 153,102,0
chr2 = 102,102,0
chr3 = 153,153,30
chr4 = 204,0,0
chr5 = 255,0,0
chr6 = 255,0,204
chr7 = 255,204,204
chr8 = 255,153,0
chr9 = 255,204,0
chr10 = 255,255,0

2. band對應(yīng)的顏色

# Karyotype band colors for ideograms
gpos100 = 0,0,0
gpos = 0,0,0
gpos75 = 130,130,130
gpos66 = 160,160,160
gpos50 = 200,200,200
gpos33 = 210,210,210
gpos25 = 200,200,200
gvar = 220,220,220
gneg = 255,255,255
acen = 217,47,39
stalk = 100,127,164

color.hsv.conf使用HSV顏色體系，定義了多種顏色，示例如下

hue000 = hsv(0,1,1)
hue001 = hsv(1,1,1)
hue002 = hsv(2,1,1)
hue003 = hsv(3,1,1)
hue004 = hsv(4,1,1)
hue005 = hsv(5,1,1)
hue006 = hsv(6,1,1)
hue007 = hsv(7,1,1)
hue008 = hsv(8,1,1)
hue009 = hsv(9,1,1)
hue010 = hsv(10,1,1)

通過上述幾個(gè)配置文件，我們已經(jīng)可以得到了大部分的顏色名稱了。在etc目錄下，還有一個(gè)colors.unix.txt文件。這個(gè)文件保存了常用的顏色的定義，示例如下

alice_blue = 240,248,255
aliceblue = 240,248,255
antique_white = 250,235,215
antiquewhite = 250,235,215
antiquewhite1 = 255,239,219
antiquewhite2 = 238,223,204

以上4個(gè)文件涵蓋了circos中所有顏色相關(guān)的配置，了解這幾個(gè)文件之后，再也不用擔(dān)心顏色屬性賦值的問題了。

到此，相信大家對“circos colors怎么使用”有了更深的了解，不妨來實(shí)際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

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