HPA是什么數(shù)據(jù)庫

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HPA全稱是Human Protein Atls， 利用轉錄組學和蛋白質組學技術，從RNA和蛋白水平研究人類不同組織和器官中的蛋白表達情況，網(wǎng)址如下

https://www.proteinatlas.org/

根據(jù)32個不同組織中蛋白編碼基因的RNA_seq數(shù)據(jù)，將基因進行了分類，結果如下所示

鑒于分泌蛋白，膜相關蛋白在病理生理學中的重要作用，將蛋白劃分了下圖所示的不同類別進行研究

通過不同組織中的RNA_seq數(shù)據(jù)，分析了蛋白編碼基因在不同組織中的富集情況，如下所示

可以看到在腦組織中，膜香瓜蛋白較多，而在肺中，分泌蛋白較多。除了對不同組織/細胞中的蛋白表達進行比較分析，還進一步研究了不同腫瘤中蛋白的表達情況。

在HPA中，又進一步劃分成了以下3個子類

1. The  Tissus Atlas

用于查看和分析蛋白編碼基因在不同組織和器官中的表達情況，以MYL7為例，鏈接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000106631-MYL7/tissue
結果示意如下

2. The Cell Atlas

提供了蛋白編碼基因在不同細胞系中的表達情況，同時還體用了對應的亞細胞定位信息，以CCNB1為例，鏈接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000134057-CCNB1/cell

結果示意如下

3. The Pathology Atlas

提供了基因在腫瘤組織中的表達情況，以及生存分析，病理學圖像等結果，以MK167為例，鏈接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000148773-MKI67/pathology

結果示意如下

通過HPA數(shù)據(jù)庫，可以方便的探究蛋白編碼基因在正常和腫瘤組織/器官中的表達情況。

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當前名稱：HPA是什么數(shù)據(jù)庫
分享網(wǎng)址：http://muchs.cn/article28/jcppjp.html

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