TSNAdb是一個(gè)什么數(shù)據(jù)庫(kù)

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TSNAdb是一個(gè)腫瘤特異性新抗原的數(shù)據(jù)庫(kù)，從TCGA和TCIA數(shù)據(jù)庫(kù)中收集了16種腫瘤共7748個(gè)腫瘤樣本的體細(xì)胞突變和HLA alleles信息，然后分別使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0兩款軟件來(lái)預(yù)測(cè)突變的肽段與HLA之間的親和力

數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址如下

http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb

構(gòu)建的pipeline 圖示如下

在原始分析結(jié)果的基礎(chǔ)上，提供了瀏覽，檢索，驗(yàn)證和下載的功能。

1. Browser

通過(guò)基因名稱(chēng)來(lái)查看相關(guān)的腫瘤新抗原，可以指定分析的軟件和腫瘤類(lèi)型，檢索框示意如下

結(jié)果示意如下

2. Search

通過(guò)基因名稱(chēng)進(jìn)行檢索，檢索框示意如下

檢索結(jié)果以熱圖進(jìn)行展示，示意如下

熱圖中的每個(gè)格子代表突變的肽段與HLA alleles之前的結(jié)合親和性，親和性從低到高，顏色從黃色過(guò)渡到紅色，有顏色的單元格代表一個(gè)腫瘤新抗原，鼠標(biāo)懸浮到對(duì)應(yīng)的單元格上可以顯示突變，HLA Allel, 親和性數(shù)值等具體信息。

3. Validation

利用IEDB數(shù)據(jù)庫(kù)中提供的肽段與HLA親和性數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果示意如下

4. Download

將分析結(jié)果按照不同的腫瘤類(lèi)型分開(kāi)，示意如下

通過(guò)TSNAdb可以快速檢索腫瘤新抗原，分析查找多種腫瘤中共享的新抗原，有助于尋找新的免疫治療靶點(diǎn)。

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