R語(yǔ)言如何對(duì)一組SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)

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怎么對(duì)一組SNP 數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)（頻率、哈溫平衡檢驗(yàn)）

示例數(shù)據(jù)

1. 載入`SNPassoc`包

我們要用里面的函數(shù)進(jìn)行計(jì)算。

library(SNPassoc)

如果沒(méi)有安裝SNPassoc，使用install.packages()進(jìn)行安裝。

2. 載入數(shù)據(jù)

data(SNPs)

查看SNPs的數(shù)據(jù)

SNPs[1:10,1:9]

id	casco	sex	blood.pre	protein	snp10001	snp10002	snp10003	snp10004
1	1	Female	13.7	75640.52	TT	CC	GG	GG
2	1	Female	12.7	28688.22	TT	AC	GG	GG
3	1	Female	12.9	17279.59	TT	CC	GG	GG
4	1	Male	14.6	27253.99	CT	CC	GG	GG
5	1	Female	13.4	38066.57	TT	AC	GG	GG
6	1	Female	11.3	9872.46	TT	CC	GG	GG
7	1	Female	11.9	11132.90	TT	AC	GG	GG
8	1	Male	12.4	29973.43	TT	AC	GG	GG
9	1	Male	14.5	31114.29	CT	CC	GG	GG
10	1	Female	12.2	41768.55	TT	AC	GG	GG

3. 如果我們想對(duì)SNP10001進(jìn)行哈溫檢驗(yàn)

使用SNPassoc的summary函數(shù), 會(huì)返回該SNP的匯總信息，里面包括哈溫檢驗(yàn)。

mysnp <- snp(SNPs$snp10001,sep="")
summary(mysnp)

Genotypes:
   frequency percentage
T/T        92  58.598726
C/T        53  33.757962
C/C        12   7.643312

Alleles:
 frequency percentage
T       237   75.47771
C        77   24.52229

HWE (p value): 0.2816392

可以看到，snp10001，T的頻率是0.754，C的頻率是0.245. 該位點(diǎn)的哈溫平衡測(cè)試p值為0.28，說(shuō)明該位點(diǎn)符合哈溫平衡。

到此，相信大家對(duì)“R語(yǔ)言如何對(duì)一組SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)”有了更深的了解，不妨來(lái)實(shí)際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

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