FANTOM5數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用

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FANTOM全稱如下

Function Annotation Of The Mammalian Genome

是一項(xiàng)國(guó)際性的研究項(xiàng)目，創(chuàng)建于2000年，最初的目的是對(duì)小鼠全長(zhǎng)cdnA序列進(jìn)行功能注釋。隨著不斷發(fā)展，研究的內(nèi)容在也在轉(zhuǎn)錄組學(xué)層面不斷拓展。

在該項(xiàng)目的第三個(gè)階段，采用了CAGE-seq這一技術(shù)手段來(lái)準(zhǔn)確研究不同轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)TSS, 示意如下

CAGE技術(shù)可以區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的起始位點(diǎn)。建立在準(zhǔn)確的TSS位點(diǎn)的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步對(duì)啟動(dòng)子，增強(qiáng)子等轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域進(jìn)行研究和分析。

除了常規(guī)的蛋白編碼基因和轉(zhuǎn)錄調(diào)控外，該項(xiàng)目還在lncRNA, miRNA等非編碼RNA,即ncRNA領(lǐng)域進(jìn)行了研究。相關(guān)結(jié)果和數(shù)據(jù)面向全世界開(kāi)放的，可以在官網(wǎng)下載得到。

今天要介紹的是從該項(xiàng)目中得到的增強(qiáng)子數(shù)據(jù)，網(wǎng)址如下

http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/

通過(guò)Human Enhancer Selector. 可以對(duì)增強(qiáng)子數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，如下所示

檢索結(jié)果分成了兩個(gè)部分，在頁(yè)面左側(cè)可以看到增強(qiáng)子的基因組位置，可以下載BED和FASTA格式的文件，也可以查詢對(duì)應(yīng)的motif分析結(jié)果，示意如下

在頁(yè)面右側(cè)，給出了增強(qiáng)子的表達(dá)水平，分成了以下3個(gè)層次

1. cell

2. organ

3. sample

對(duì)應(yīng)不同細(xì)胞，器官，樣本中的表達(dá)水平，以細(xì)胞水平的表達(dá)情況為例，示意如下

通過(guò)View Overlaps菜單，可以查看增強(qiáng)子相關(guān)的啟動(dòng)子區(qū)域以及在該增強(qiáng)子區(qū)域內(nèi)的SNP位點(diǎn)，示意如下

通過(guò)以上網(wǎng)址，可以對(duì)增強(qiáng)子進(jìn)行在線查找和分析。對(duì)于所有增強(qiáng)子的信息，可以通過(guò)以下鏈接進(jìn)行下載

提供了BED格式的區(qū)間文件供下載。

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