HACERhuman增強子數(shù)據(jù)庫的示例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)HACER human增強子數(shù)據(jù)庫的示例分析，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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大多數(shù)的增強子數(shù)據(jù)庫利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的數(shù)據(jù)來鑒定增強子, HACER則通過GRO_seq和PRO_seq來分析增強子RNA，從而達到鑒定已經(jīng)激活的增強子的目的。

與其他增強子數(shù)據(jù)相比較的情況示意如下

該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/

對于鑒定到的增強子區(qū)域，該數(shù)據(jù)庫同樣提供了以下3種調(diào)控關(guān)系

1. TF-Enhancer

2. Enhancer-target gene

3. Enhancer-promoter

同時對于增強子對應(yīng)的基因組區(qū)域，還提供了該區(qū)域內(nèi)的GWAS SNP和eQTL 變異位點信息，圖示如下

由于增強子的組織和細胞特異性，在該數(shù)據(jù)庫中通過Browser菜單，可以瀏覽不同細胞系中的增強子信息，示意如下

勾選感興趣的細胞系前的單選框進行查看，以GM12878為例，檢索結(jié)果示意如下

點擊增強子ID,可以查看詳細信息, 以AE_hg19_GM12878_20878`為例，結(jié)果如下所示

1. Basic

2. TF binding

3. Target Gene

4. GWAS

5. eQTL

該數(shù)據(jù)庫中的信息是免費下載的，通過該數(shù)據(jù)庫，可以方便的探索增強子，TF, 基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，還可以結(jié)合突變信息，將基因組和轉(zhuǎn)錄調(diào)控多層次，多組學(xué)的數(shù)據(jù)結(jié)合起來使用，對于探究具體的機制提供更多的參考信息。

看完上述內(nèi)容，你們對HACER human增強子數(shù)據(jù)庫的示例分析有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關(guān)內(nèi)容，請關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。

網(wǎng)站名稱：HACERhuman增強子數(shù)據(jù)庫的示例分析
文章分享：http://muchs.cn/article44/gciche.html

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