如何使用DREME挖掘序列中的denovomotif

本篇文章為大家展示了如何使用DREME挖掘序列中的de novo motif，內(nèi)容簡明扼要并且容易理解，絕對能使你眼前一亮，通過這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

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DREME也是一款常用的de novo motif分析軟件，它具有以下幾個特點(diǎn)

• 只支持核酸序列，即DNA和RNA序列的motif分析，不支持氨基酸序列

• DREME需要兩個序列集合，其中一個作為control,主要功能是挖掘相比control, 在另外一個集合中相對富集的motif

將contorl對應(yīng)的序列集合稱之為negative sequences, 將另一組稱之positive sequences,采用費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)分析motif在positive出現(xiàn)的次數(shù)是否比negative中出現(xiàn)的次數(shù)更多。

如果你只提供了一個序列集合，則采用堿基隨機(jī)抽樣的方式根據(jù)你提供的序列模擬出一組contorl序列，這種方式構(gòu)建的序列集合也稱之為shuffled  sequences。

在線工具的網(wǎng)址如下

http://meme-suite.org/tools/dreme

同時提供control和input序列集合就可以了，需要注意的是，兩個集合中的序列個數(shù)必須一致，序列的長度在100bp左右最佳, 通常采用peak中心上下游各50bp的序列即可。

輸出結(jié)果如下所示

同時在輸入的序列和其反向互補(bǔ)鏈上查找motif, 輸出結(jié)果中RC Logo代表反向互補(bǔ)鏈上的motif。點(diǎn)擊每個More可以查看每個motif的具體信息，示意如下

給出了該motif和對應(yīng)的堿基組合在兩個序列集合中次數(shù)的個數(shù)統(tǒng)計和對應(yīng)的p值等信息，需要注意的是，這里的個數(shù)統(tǒng)計不是簡單的統(tǒng)計該字符在輸入序列中出現(xiàn)的次數(shù)，而且在分析總的motif和對應(yīng)的各種堿基組合的次數(shù)時是獨(dú)立的操作，所以不是說每種堿基組合的次數(shù)疊加就是總的motif的次數(shù)。

DREME對應(yīng)的命令行版本的基本用法如下

dreme -oc out_dir -png -p input.fa

DREME適用于發(fā)現(xiàn)長度在3-8bp之間的motif, 而MEME的motif長度可以通過參數(shù)調(diào)整，適用范圍更大。

上述內(nèi)容就是如何使用DREME挖掘序列中的de novo motif，你們學(xué)到知識或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識儲備，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

當(dāng)前標(biāo)題：如何使用DREME挖掘序列中的denovomotif
本文來源：http://muchs.cn/article46/ispihg.html

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