如何使用WebLogo可視化motif

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用WebLogo可視化motif”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“如何使用WebLogo可視化motif”吧!

網(wǎng)站建設(shè)哪家好，找創(chuàng)新互聯(lián)！專注于網(wǎng)頁設(shè)計、網(wǎng)站建設(shè)、微信開發(fā)、成都微信小程序、集團企業(yè)網(wǎng)站建設(shè)等服務(wù)項目。為回饋新老客戶創(chuàng)新互聯(lián)還提供了黃平免費建站歡迎大家使用！

WebLogo是一款經(jīng)典的motif可視化軟件，在很多的文章中都提到了使用該軟件繪制motif的sequence logo。作為一個在線工具，其操作簡單，易于使用，網(wǎng)址如下

http://weblogo.threeplusone.com/

只需要上傳序列的多序列比對結(jié)果即可， 以下圖中的bing sites的序列為例

1. 上傳多序列比對結(jié)果

點擊create菜單，上傳fasta格式的多序列比對結(jié)果

示例中的多序列比對結(jié)果如下

>binding_site1
CCCATTGTTCTC
>binding_site2
TTTCTGGTTCTC
>binding_site3
TCAATTGTTTAG
>binding_site4
CTCATTGTTGTC
>binding_site5
TCCATTGTTCTC
>binding_site6
CCTATTGTTCTC
>binding_site7
TCCATTGTTCGT
>binding_site8
CCAATTGTTTTG

2. 調(diào)整參數(shù)設(shè)置

分為了兩個部分，第一部分主要調(diào)整輸出文件的格式，示意如下

可以設(shè)置標題，輸出文件的格式，支持PNG,PDF,SVG,JPEG等多種格式。對于輸入的序列類型會自動進行判斷，支持dan, rna, protein3種序列。

第二部分主要調(diào)整圖片上顯示的內(nèi)容，示意如下

一般情況下，都需要把error bar和version信息去掉。這部分最主要調(diào)整的是配色，對于DNA和RNA, 內(nèi)置的配色如下

對于蛋白質(zhì)序列，內(nèi)置的配色如下

設(shè)置調(diào)整好之后，點擊Create WebLogo即可。示例中的DNA序列，采用classic配色，結(jié)果如下

webLogo還有對應(yīng)的命令行版本，可以本地運行，基本用法如下

weblogo --format PNG < cap.fa > cap.png

更多參數(shù)和細節(jié)請參考官網(wǎng)的幫助文檔。

到此，相信大家對“如何使用WebLogo可視化motif”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學習！

分享名稱：如何使用WebLogo可視化motif
URL地址：http://muchs.cn/article6/iehcig.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供面包屑導航、云服務(wù)器、外貿(mào)網(wǎng)站建設(shè)、電子商務(wù)、建站公司、做網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請盡快告知，我們將會在第一時間刪除。文章觀點不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)