如何使用GREAT對peak進行功能注釋

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GREAT是一款peak區(qū)間進行基因注釋的工具，除了給出peak對應的基因外，還集成了多種基因的功能分析，網(wǎng)址如下

http://great.stanford.edu/public/html/index.php

目前該在線工具只支持以下幾個物種

1. Human

2. Mouse

3. Zebrafish

在使用時，還需要注意對應的基因組版本。用法比較簡單，選擇對應的基因組版本，然后上傳對應的BED格式的peak文件即可，示意如下

結(jié)果展示如下，給出了peak關(guān)聯(lián)基因的個數(shù)和TSS距離的頻數(shù)分布柱狀圖

除此之外，還給出以下多種基因的功能分析

1. GO Molecular Function

2. GO Biological Process

3. GO Cellular Component

4. Mouse Phenotype

5. Human Phenotype

6. Disease Ontology

7. MsigDB Cancer neighborhood

8. Placenta Disorders

9. PANTHER Pathway

10. BioCyc Pathway

11. MsigDB Pathway

12. MGI Expression

13. MgisDB Perturbation

不同于傳統(tǒng)的費舍爾精確檢驗，功能富集分析的p值是基于二項分布的計算得到的，計算過程如下所示

以GO中MF這一類別的功能注釋為例，示意如下

通過GREAT可以方便的對peak關(guān)聯(lián)的基因功能進行探究。

感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用GREAT對peak進行功能注釋”的內(nèi)容了，經(jīng)過本文的學習后，相信大家對如何使用GREAT對peak進行功能注釋這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是創(chuàng)新互聯(lián)，小編將為大家推送更多相關(guān)知識點的文章，歡迎關(guān)注！

名稱欄目：如何使用GREAT對peak進行功能注釋
轉(zhuǎn)載來源：http://muchs.cn/article6/jpjsog.html

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