gromacscpu版安裝

安裝準(zhǔn)備

創(chuàng)新互聯(lián)服務(wù)項目包括石臺網(wǎng)站建設(shè)、石臺網(wǎng)站制作、石臺網(wǎng)頁制作以及石臺網(wǎng)絡(luò)營銷策劃等。多年來，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢、行業(yè)經(jīng)驗、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，石臺網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到石臺省份的部分城市，未來相信會繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！

  1. cmake2.8.8 or later

  2. C,C++

  3.gromacs包

http://www.gromacs.org/Downloads

安裝步驟

  1. tar xfz gromacs.tar.gz

  2. cd gromacs

  3. mkdir build

  4. cmake ../

    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安裝目錄

    -DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s  指定執(zhí)行文件后綴 默認(rèn)為gmx（串行單精度），gmx_mpi（并行單精度），gmx_mpi_d(并行雙精度)

    -DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s       庫文件后綴

    -DGMX_MPI=ON                             使用mpich編譯器build

    -DGMX_OPENMP=ON                     使用openmpi編譯器build

    -DGMX_SIMD=None                        specify the level of SIMD support of the node on
        which mdrun will run

    -DGMX_X11=ON                             

    -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF        關(guān)掉默認(rèn)后綴

    -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc      指定C++編譯器

    -DCMAKE_C_COMPILER=icc            指定C編譯器

    -DBUILD_SHARED_LIBS=ON             構(gòu)建共享庫    

    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON         -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON     打開雙精度默認(rèn)單精度

    CUDA版需加參數(shù)

    -DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

    2>&1 | tee cmake.log

  5. make && makeinstall


  gromacs4.6.7及之前版本執(zhí)行文件有100多個，在gromacs5.0到5.0.7之間應(yīng)該是想逐步對執(zhí)行命令進(jìn)行集成，所有的命令都作為gmx命令的軟鏈接出現(xiàn)，在5.1版本之后就只有g(shù)mx一個命令了

  cpu版測試命令

 source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash   ###環(huán)境變量

  mpirun -np 4 gmx_XXX_s  mdrun -s md.tpr -ntomp 1

 cuda版測試命令待更新

名稱欄目：gromacscpu版安裝
文章來源：http://muchs.cn/article6/jpeoig.html

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